Gedung Masjid dan Auditorium dibangun mulai tahun 1995 dan selesai pada tahun 2000, pada awalnya Gedung auditorium di fungsikan untuk kegiatan Internal Universitas Islam Indonesia, seiring dengan berjalannya waktu, banyak yang berminat untuk menggunakan untuk acara pribadi, baik Pernikahan, Perkumpulan, Pameran dan sebagainya sehingga  dibentuklah Unit Pengelola Auditorium yang mengelola seluruh kegiatan yang diselenggarakan di gedung Auditorium. Sehingga mulai tahun 2002, Gedung Auditorium disewakan untuk umum.

Sehubungan dengan Pengelolaan unit Auditorium yang semakin meningkat, disisi lain Armada Bus milik Universitas butuh pengelolaan secara professional juga , maka mulai tahun 2012 pihak Rektorat menginginkan pengelolaan bus digabung dengan pengelolaan Auditorium dengan nama UNISIA Transport yang sama-sama Unit Bisnis dengan unit Auditorium Prof. DR. KHA Kahar Muzdakkir